Bibliothèques annotées

Les bibliothèques annotées : un outil pour un criblage pharmaceutique plus éclairé

Il s'agit d'un court article sur le sujet des bibliothèques annotées et de leurs utilisations dans la découverte de médicaments. Il est basé sur l'article « Focused chemistry from annotated library » de Balakin et al. Les bibliothèques annotées sont, par essence, des bibliothèques avec des données ajoutées, qu'il s'agisse de résultats d'analyses, d'ADME/T ou d'autre chose pertinente. ChemDiv propose de nombreuses bibliothèques annotées que vous pouvez utiliser dans vos recherches.

Classement

Les bibliothèques annotées peuvent être divisées selon quatre caractéristiques clés :

•  Taille : de quelques centaines à des centaines de milliers de molécules

•  Objectif : d'extrêmement spécifique - cible, comme pour une famille singulière de kinases, ou

  caractéristique, en se concentrant sur la toxicité, par exemple, à une bibliothèque annotée avec un

  focalisation plus large

•  Étendue de l'annotation : à partir d'une bibliothèque entièrement commentée, dans laquelle toutes les molécules ont toutes les

  champs remplis, à un champ partiellement commenté, dans lequel certains champs de la base de données seront

  vide

•  Source des données : des tests à la littérature

  Bien que la classification puisse sembler un peu sèche, elle est utile pour transmettre efficacement les informations, ce qui, dans un sens, est le but des bibliothèques annotées en général. Par exemple, notre bibliothèque de canaux ioniques humains contient des données sur l'activité mesurée provenant de différentes sources pour trois cent vingt molécules, ce qui en fait une petite bibliothèque annotée partiellement couverte hautement ciblée avec une variété de sources de données.

Quelques exemples de molécules dans une bibliothèque annotée, issue de notre bibliothèque ChemoGenomic, comptant près de quatre-vingt-onze mille composés

Bases de données construites avec des bibliothèques annotées

En utilisant la classification susmentionnée, nous décrirons ici quatre groupes de technologies construits avec des bibliothèques annotées :

•  Bibliothèques multitoll entièrement annotées. Au prix d'être sévèrement limitées dans le choix des composés, et donc d'en avoir un nombre relativement restreint, ces bibliothèques annotées fournissent des informations de haute qualité avec une couverture complète, ce qui en fait un bon outil pour l'identification des cibles.

•  Bibliothèques polyvalentes avec données expérimentales. Au prix d'incohérences, ceux-ci contiennent un grand nombre d'entrées et donnent des informations sur les effets réels

•  Bibliothèques annotées ADME/T. Ces bibliothèques font une chose, et le font bien : résumer les données sur la pharmacocinétique et aider à intégrer ces informations dans le flux de travail. Ils peuvent également souffrir de certaines incohérences internes et d'annotations partielles.

•  Bibliothèques annotées ciblées. Ceux-ci choisissent un nombre restreint de cibles, permettant d'inclure un grand nombre de molécules, et ont les mêmes problèmes que les deux précédents.

  Couplées aux outils de la chimioinformatique, les bibliothèques annotées deviennent un outil puissant pour le criblage, la création de nouvelles bibliothèques ou la modélisation QSAR. De la liaison de l'expression génique à la structure du médicament à la recherche du mécanisme d'action probable ou de la cible basée sur le modèle de test - pour n'en nommer que quelques-unes des applications.

  conclusion

  Ces bibliothèques annotées extrêmement denses en données nous aident à gérer l'un des principaux problèmes de l'ère actuelle : au lieu des jours d'autrefois, lorsque l'information était difficile à trouver, nous nous noyons presque dedans. Des bibliothèques annotées le structurent de manière à permettre d'utiliser au mieux toutes les informations disponibles et de relier toutes les sources et recherches entre elles. Même si cette approche n'est pas sans inconvénients, à savoir les incohérences internes au sein des bibliothèques, qui compliquent les analyses ultérieures, elles constituent un outil puissant pour la découverte de médicaments. Outre les deux exemples donnés ici, ChemDiv propose de nombreuses autres bibliothèques annotées - d'une bibliothèque CNS à une autre axée sur les pathogènes opportunistes.