Pathogènes opportunistes

Pathogènes opportunistes : le carpe diem a mal tourné

Définitions et introduction

Ce court article couvre certains des agents pathogènes opportunistes les plus répandus (parfois appelés «OP» en abrégé) et une vue d'ensemble de l'impact et des implications qu'ils ont sur la société. 

Il convient cependant de commencer par quelques définitions et concepts :

• Pathogènes opportunistes – micro-organismes qui normalement (chez un humain en bonne santé) ne constituent pas une menace, mais dans une personne dont le système immunitaire est perturbé (que ce soit à cause d'une maladie ou d'une forme d'immunodéficience). Comme Faria et al. pour parler franchement, ils ont besoin d'un hôte "défectueux" pour devenir virulents

• Résistance aux antibiotiques (AR) – en bref, la capacité des agents pathogènes à ne pas être endommagés par le médicament conçu pour les tuer. Peut se produire en raison de l'utilisation de pompes faisant sortir le médicament de la cellule (ou en rendant plus difficile son entrée à l'intérieur en premier lieu), d'une enzyme inactivant le médicament ou de modifications de la cible du médicament codée dans l'ADN

• Pathogènes d'origine alimentaire – pathogènes qui passent par les aliments. De nombreux OP vivent dans le sol ou les microbiomes végétaux, donc l'une des façons dont l'OP s'introduit dans un écosystème affaibli qui est un hôte malade ou immunodéprimé est par la nourriture

• Immunosuppresseurs : une thérapie courante pour les maladies auto-immunes consiste simplement à ralentir le système immunitaire. Cela ne va pas sans effets secondaires : outre la sensibilité accrue évidente aux agents pathogènes habituels, l'hôte affaibli peut devenir sensible aux organismes qui normalement n'agissent pas du tout comme agents pathogènes - OP

Pour clarifier, les hôtes "compromis" - groupes vulnérables - comprennent également les personnes âgées et très jeunes, en raison de leur système immunitaire naturellement relativement faible. Sont également incluses les femmes enceintes – en raison de la tolérance fœtale. Dans certains pays, comme les États-Unis d'Amérique, jusqu'à un cinquième de la population appartient à l'un des groupes vulnérables. 

OP ont des caractéristiques communes :

• Hostilité (latente) envers les autres organismes

• Manque de rigidité nutritionnelle

• Peut être cultivé

• Tendance à trouver dans les environnements à forte teneur en carbone 

• Compétitivité

• Capacité de formation de biofilm (une structure tridimensionnelle dans laquelle les cellules adhèrent à d'autres cellules et à la surface)

• Vitesse de mutation élevée

• Avoir la RA

Comme c'est souvent le cas en biologie, il n'y a pas de frontière définitive entre les pathogènes standards et l'OP. Un exemple particulièrement éclairant d'être proche de l'un ou l'autre groupe est Mycobacterium tuberculosis, dont nous parlerons plus tard. 

Une fois les bases terminées, sur les deux principaux groupes de pathogènes opportunistes :

OP liés aux maladies auto-immunes et d'origine alimentaire

Il existe plusieurs idées décrivant la façon dont notre système immunitaire se retourne contre nous, de la dégradation des anticorps aux déficiences du système immunitaire conduisant à l'autoagression. L'OP, cependant, est plus étroitement liée au traitement qui s'ensuit qu'à la maladie elle-même. Cependant, certaines maladies auto-immunes entraînent une vulnérabilité aux agents pathogènes opportunistes par eux-mêmes.

Une autre complication intéressante de la relation entre les troubles auto-immuns et les infections est que lesdites infections, bien qu'elles soient capables de provoquer des troubles auto-immuns, peuvent également en protéger ou même en arrêter une sur les rails, selon les détails. Pour cette raison, nous devons voir dans les micro-organismes des outils qui nous permettent de contrôler l'immunitésystème.

Revenons à notre sujet d'origine. Certains PO sont liés à une tranche étroite de problèmes, comme la tuberculose (figure 2). L'herpès zoster est un exemple dont on pourrait être plus conscient, en raison de sa prévalence. Cryptococcus est un autre OP - lié au SIDA, et il présente des manifestations cliniques inhabituelles, ce qui rend le traitement plus difficile. Le virus de John Canningham, qui est généralement forcé de rester bas, lorsqu'il est réactivé, entraîne une pathogenèse capable d'évoluer vers une leucoencéphalopathie multifocale progressive.

Figure 1. Entérobactéries. Normalement, des membres inoffensifs de notre biote intestinal. Certaines espèces sont des OP d'origine alimentaire, et des espèces communes.

Comme indiqué ci-dessus, les OP ont tendance à vivre dans le sol et la flore. Cela signifie qu'ils peuvent être transportés avec de la nourriture : par exemple, Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus empruntent cette route. 

Le biome végétal, d'une manière générale, est capable d'agir comme un pool d'OP, comme l'indiquent des infections plus fréquentes par des OP correspondant à une consommation de produits plus répandue (celle qui agit comme un réservoir, bien sûr). 

Un problème mondial, pas communautaire

S'il est tentant de considérer les problèmes d'agents pathogènes opportunistes et de résistance aux antimicrobiens comme locaux, donc contenus et n'affectant que le territoire primaire, de telles tentatives sont mal adaptées lorsqu'il s'agit de résoudre réellement le problème. 

Le manque de ressources dans les pays moins fortunés crée un terreau fertile pour la PO - il n'y a pas de pénurie d'hôtes vulnérables, et ces hôtes ne reçoivent pas le traitement dont ils ont besoin. Il en résulte une résistance acquise au traitement – AR. Blâmer les victimes, tant à l'échelle individuelle que communautaire, ne résout en rien le problème.   

Ce point de vue est partagé par plus que des cœurs saignants dans le milieu universitaire - dans son rapport de 2019, le CDC appelle également à une action mondiale. On ne peut qu'espérer que la pandémie de Covid a laissé une cicatrice suffisamment douloureuse sur la psyché collective pour agir avec détermination et compassion dans les années suivantes.  

Figure 2. Mycobacterium tuberculosis. Bien qu'il ne constitue généralement pas une menace, sans aucun EI, dans les pays développés, dans d'autres endroits, il reste une cause de décès par tuberculose. Il évolue cependant, comme tout autre organisme, et, alors soumis à des antibiotiques, peut développer une capacité de résistance. Heureusement, il ne semble pas y avoir d'augmentation de la tuberculose résistante aux traitements aux États-Unis.    

Conclusion

Les agents pathogènes opportunistes et la résistance aux antibiotiques fonctionnent ensemble et mettent en danger le modèle actuel dépendant des antibiotiques. Les agents pathogènes sont déjà sur le point de vivre dans le monde post-antibiotique, les agents pathogènes normaux devenant plus difficiles à guérir et l'OP entrant en jeu. Un effort mondial coordonné pour surveiller correctement l'OP et utiliser des antibiotiques uniquement lorsque cela est nécessaire, ainsi que le développement de nouveaux médicaments, sans tribalisme inutile, est une solution déjà disponible et nous aidera tous à court et à long terme.

Sources

[1] Chapitre 15 : Pathogènes opportunistes et maladies auto-immunes, 2015, Faria et al.

[2] Chapitre 10 : Pathogènes opportunistes d'origine alimentaire, 2018, Fusco et al.

[3] La perspective des inégalités socio-économiques et des maladies infectieuses au 21e siècle, Massey et Mabhala 

[4] Antibiotiques 2019 rapport sur les menaces de résistance, CDC. Les deux personnages viennent d'ici.