Bibliotecas anotadas

Bibliotecas anotadas: una herramienta para un cribado farmacéutico más informado

Este es un breve artículo sobre el tema de las bibliotecas anotadas y los usos que tienen en el descubrimiento de fármacos. Se basa en el artículo "Química enfocada de bibliotecas anotadas" de Balakin et al. Las bibliotecas anotadas son, en esencia, bibliotecas con datos agregados, ya sean los resultados de ensayos, ADME/T o cualquier otra cosa relevante. ChemDiv ofrece numerosas bibliotecas comentadas para que las emplee en su investigación.

Clasificación

Las bibliotecas anotadas se pueden dividir a lo largo de las líneas de cuatro características clave:

•  Tamaño: desde unos cientos hasta cientos de miles de moléculas

•  Propósito: desde extremadamente específico, en cuanto al objetivo, como para una familia singular de quinasas, o

  característica, centrándose en la toxicidad, por ejemplo, a una biblioteca anotada con un

  enfoque más amplio

•  Extensión de la anotación: de una biblioteca completamente comentada, en la que todas las moléculas tienen todas las

  campos llenos, a uno parcialmente comentado, en el que algunos campos de la base de datos serán

  vacío

•  Fuente de datos: de los ensayos a la literatura

  Si bien la clasificación puede parecer algo seca, es útil para transmitir información de manera efectiva, que, en cierto sentido, es el propósito de las bibliotecas anotadas en general. Por ejemplo, nuestra biblioteca de canales de iones humanos contiene datos sobre la actividad medida de diferentes fuentes para trescientas veinte moléculas, lo que la convierte en una pequeña biblioteca anotada parcialmente cubierta y altamente enfocada con una variedad de fuentes de datos.

Algunos ejemplos de moléculas en una biblioteca anotada, de nuestra biblioteca ChemoGenomic, que suman casi noventa y un mil compuestos

Bases de datos creadas con bibliotecas anotadas

Usando la clasificación antes mencionada, aquí describiremos cuatro grupos de tecnología construida con bibliotecas anotadas:

•  Bibliotecas multitoll completamente anotadas. Por el precio de estar severamente limitado en lo que respecta a la elección de compuestos y, por lo tanto, tener un número relativamente pequeño de ellos, estas bibliotecas anotadas brindan información de alta calidad con una cobertura completa, lo que las convierte en una buena herramienta para la identificación de objetivos.

•  Bibliotecas de enfoque amplio con datos experimentales. A costa de las inconsistencias, estos contienen un gran número de entradas y brindan información sobre los efectos reales.

•  Bibliotecas anotadas de ADME/T. Estas bibliotecas hacen una cosa y la hacen bien: resumir datos sobre farmacocinética y ayudar a integrar esa información en el flujo de trabajo. También pueden sufrir algunas inconsistencias internas y solo una anotación parcial.

•  Bibliotecas anotadas enfocadas. Estos eligen un número selecto de objetivos, lo que permite incluir una gran cantidad de moléculas, y tienen los mismos problemas que los dos anteriores.

  Cuando se combinan con las herramientas de la quimioinformática, las bibliotecas anotadas se convierten en una poderosa herramienta para la detección, la creación de nuevas bibliotecas o el modelado QSAR. Desde vincular la expresión génica a la estructura del fármaco hasta encontrar el mecanismo de acción probable o el objetivo en función del patrón de ensayo, solo por nombrar algunas de las aplicaciones.

  Conclusión

  Estas bibliotecas anotadas extremadamente densas en datos nos ayudan a manejar uno de los principales problemas de la era actual: en lugar de los días de antaño, cuando la información era difícil de conseguir, casi nos ahogamos en ella. Las bibliotecas anotadas lo estructuran de una manera que nos permite utilizar toda la información disponible en toda su extensión y conectar todas las fuentes e investigaciones. Aunque este enfoque no está exento de inconvenientes, a saber, las inconsistencias internas dentro de las bibliotecas, que complican el análisis posterior, son una herramienta potente para el descubrimiento de fármacos. Además de los dos ejemplos proporcionados aquí, ChemDiv ofrece muchas más bibliotecas anotadas, desde una biblioteca del SNC hasta una centrada en los patógenos oportunistas.