Conception de médicaments in silico (CADD)
L'équipe CADD de ChemDiv peut vous aider à accélérer les premières étapes de votre projet de découverte de médicaments. Des scientifiques expérimentés ayant une formation en modélisation moléculaire, en exploration de données et en informatique chimique travaillent en étroite collaboration avec des chimistes médicinaux et des biologistes.
Nous fournissons un certain nombre de services informatiques sophistiqués dans le cadre de projets intégrés plus vastes ou en tant que services autonomes in silico :
- Conception de médicaments basée sur la structure : amarrage, dynamique moléculaire
- Conception de médicaments à base de ligand – Similitude, modèles de pharmacophore
- Criblage virtuel : prise en charge de HTS, conception de bibliothèques ciblées
- Optimisation Hit2lead – Optimisation ADME, saut d'échafaudage
- et autres
Logiciel
- Molsoft ICM Pro – Amarrage moléculaire, identification des sites de liaison des ligands, etc.
- Cresset Flare and Forge – Structure et conception à base de ligand
- Autodock4, Autodock Vina (Scripps) – Amarrage moléculaire
- ChemoSoft (ChemDiv) – Similitude 2D, chimie combinatoire
- Knime – Workflows pour les tâches ETL et de préparation des données
- Rdkit (Python), Open Babel – Solutions personnalisées de chemininformatique
- Python, DataWarrior – Visualisation de l'espace chimique
- Gromacs – Simulations de dynamique moléculaire
Pourquoi travailler avec nous ?
- Vaste expérience dans la conception de médicaments in silico
- Nous avons accès à la grande bibliothèque diversifiée (1,6 million de composés) de petites molécules prêtes pour les essais biologiques
- Équipement logiciel et matériel de classe mondiale
- Une solide expertise scientifique dans les domaines de la chimie médicinale et de la chimioinformatique
Dépistage virtuel
Création de la conception de la bibliothèque et sélection des sous-ensembles.
ChemDiv Inc. est un leader reconnu dans ce domaine. Grâce à notre collection de 1,6 million de composés de base, nous pouvons développer une bibliothèque ciblée pour répondre à vos besoins. Notre bibliothèque de petites molécules augmente d'environ 100 000 composés par an. Selon nos estimations, l'espace chimique des composés synthétisables dépasse 20M. Pour commander des services de synthèse, visitez notre page Chimie personnalisée.
Construction d'une bibliothèques ciblées utilisant des méthodes basées sur les ligands et la structure pour réduire les coûts de HTS.
- Prédiction des propriétés physicochimiques
- Recherche de similarité
- Modèles pharmacophores 3D
- Accueil flexible
- Analyse des données HTS pour sélectionner les composés les plus pertinents pour une optimisation supplémentaire
Contactez-nous pour en savoir plus : chemdiv@chemdiv.com
Conception de médicaments à base de ligands
L'approche basée sur les ligands est l'une des méthodes les plus rapides et les plus largement utilisées pour identifier et optimiser les nouveaux hits.
- Visualisation de l'espace chimique, clusterisation basée sur des échafaudages et des métriques de similarité
- Modèles prédictifs QSAR
- Modèles de pharmacophores, alignement 3D
- Analyse conformationnelle
- Chimie combinatoire et génération in silico de nouvelles structures
- Saffold hopping et remplacement de fragments
- Évaluation de la synthésabilité des structures générées
Contactez-nous pour en savoir plus : chemdiv@chemdiv.com
Conception de médicaments basée sur la structure
Si des informations structurelles fiables sur la cible et/ou le mode de liaison du ligand sont disponibles, des méthodes basées sur la structure pourraient accompagner les approches basées sur le ligand pour aider à la conception et à l'optimisation de nouveaux composés.
- Affinage de la structure des protéines, modélisation de boucles
- Identification du site de liaison
- Modélisation d'homologie
- Amarrage flexible – ajustement induit, etc.
- Modèles QSAR basés sur l'amarrage (modèles Docking to Protein Pocket Classification/Regression (dpc) tels qu'implémentés dans le package Molsoft)
- Études de dynamique moléculaire pour une analyse supplémentaire du mode de liaison
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Optimisation Hit2lead
L'optimisation Hit to lead utilise largement les méthodes basées sur la structure et basées sur les ligands.
Nous fournissons :
- Analyse rapide des résultats obtenus par criblage à haut débit (HTS)
- Visualisation spatiale chimique des résultats obtenus
- Profilage in silico :
○ Optimisation ADMET
○ Saut d'échafaudage
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